室外培養(yǎng)料第二次發(fā)酵是在第一次發(fā)酵結束后，趁著料溫未降時重新建堆。建堆前在堆底開－條通氣溝。堆好后用草簾蓋好。夜間及雨天用塑料膜覆蓋，其內用竹枝撐起約２０公分距離。建堆后第二天料溫應升至攝氏６０度，保持４－６小時，然后掀起覆蓋物降溫至攝氏５０－５２度，這時候要用插棒插一些５公分深的小孔，加強透氣。如此保持４－５天，趁著料溫未降時及時進房。
不過，對蘑菇培養(yǎng)料進行二次發(fā)酵時要注意幾個問題：
１、進行二次發(fā)酵的培養(yǎng)料無論是室內或室外進行，都要趁第一次發(fā)酵的料溫未降時趕快進行。２、第二次發(fā)酵后經(jīng)過升溫，水分有蒸發(fā)散失。發(fā)酵后要適當補充水分，補充的水溫要與料溫－致為好。３、第二次發(fā)酵時間一般４－５天，時間不宜過長。及時進房。４、室內進行第二次發(fā)酵的，播種前一定要做好室內的換氣工作。５、室外進行第二次發(fā)酵的，要保證堆溫按時提升或降低，加強透氣，培養(yǎng)料質量才有保證。
經(jīng)過第二次發(fā)酵的培養(yǎng)料進一步熟化，促使大量有益微生物生長發(fā)育，促進養(yǎng)分分解和有效養(yǎng)分的積累，并殺滅培養(yǎng)料中的害蟲及有害微生物，使蘑菇菌種的菌絲體在最短時間內適應營養(yǎng)環(huán)境，順利生長發(fā)育。
優(yōu)質的培養(yǎng)料應該是質地松軟亮澤，糞料松散軟綿，變成灰褐色，但不是黑色，無結塊，無氨味，無糞臭味，無酸腐味，無霉味。草料柔潤有韌性，成條狀，用力可拉斷。用指甲刮草條，表皮易脫離但不斷，無臭味而有草香味，不霉爛、黃褐色。用手捏培養(yǎng)料指間有水滲出，成團，不粘糊，松手可散開。酸堿度６．８－７．２。最后一次翻堆后的第五天仍有攝氏５０度以上，但不超過攝氏６０度。堆的體積縮小了４０％左右，料的重量減少了３０％左右，含水量大約６５％為宜。
