在黑龍江地區(qū)，一般采收時間為9月15-20日，其他地區(qū)根據(jù)種瓜的成熟時間及氣候條件等確定采收期。采收后一般存放7-10天再開瓜取籽，以促進后熟，提高籽粒飽滿度。在有條件的地區(qū)，也可采用機械采籽。若為裸仁瓜籽后熟時間不宜過長，以免種子在果實內(nèi)發(fā)芽。裸仁瓜籽切忌不要發(fā)酵，避免種子綠皮脫落影響品質(zhì)。
瓜籽應用紗窗搭架床晾曬，濕籽攤曬厚度以4-5厘米為宜，第一天每平方米紗窗可曬15千克，第二天每平方米可曬5千克。要經(jīng)常翻動，直到飛軟皮為止。晾曬時注意防凍、防雨。
瓜籽干后（表面飛軟皮），可裝成半袋，放在通風干燥處，每隔8-10天拿到曬場通風去潮，通風2次即可裝袋封嚴。瓜籽要注意防止水分超標，避免出現(xiàn)霉變或凍板現(xiàn)象。
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