蘋果樹腐爛病是由一種弱寄生真菌——蘋果黑腐皮殼菌侵染而引起的，主要在果樹休眠期發生為害。
該菌以菌絲體、分生孢子器、子囊殼和孢子角在病樹皮下或殘枝干上越冬，成為來年發病的主要初侵染源。翌年早春，隨著病部的發展，逐漸形成病菌孢子，并在雨后或高濕條件下，孢子隨風雨傳播擴散，昆蟲和工具也可傳播。
腐爛病一般一年有兩個發生高峰期：3～4月隨氣溫回升，病斑迅速擴展，進入為害盛期，到5月中旬后出現大量的孢子角.
此后隨果樹進入旺盛生長期，抗病力增強，病斑不再擴展，新病斑也很少發生；9～11月，隨樹體停止生長，抗病力減弱，病斑又開始擴展并產生新的病疤。
蘋果腐爛病發生的主要原因有以下幾個方面：
一般情況下，管理精細的果園（包括精細修剪、細致噴藥、合理施肥、澆水等）發病率特別低，基本上不發病、少發病，產量比較穩定。反之，管理粗放的果園則發病重。
凡過量結果，超過樹體本身負載能力的，果實質量差，樹體發病率都特別高。尤其是大小年嚴重的果園，大年結果后腐爛病就會大發生。
要保持樹體健壯，減少腐爛病發生，還須保證樹體營養的正常供應，及時增加果園的投入，尤其是足夠的基肥（粗肥）的投入量至關重要。據調查，土壤有機質達到1%以上的蘋果園，樹體很少有腐爛病發生。而常年依靠化肥，特別是速效氮肥過量，不施粗肥的蘋果園，比較容易發病。
為害葉部的病蟲害，往往造成葉片提早脫落，削弱了樹勢，腐爛病易發生；為害枝干的害蟲，也可加重腐爛病的發生。
果樹遭受凍害、日灼、病蟲為害，以及不合理修剪等造成的機械傷口均易導致腐爛病的發生。
